Dès le départ, l'abbaye se voulait être un lieu hors du temps et hors du monde, une frontière entre le monde visible et le monde sacré. N'oublions pas, qu'à l'origine, les moines souhaitèrent imiter les "Pères du désert" reclus dans un désert, afin d'y trouver la voie de la sainteté.
Néanmoins, comme tous rassemblements, chaque abbaye devait, pour pouvoir répondre à ses aspirations spirituelles mais aussi à ses besoins matériels, se doter d'une organisation et d'une discipline de vie. Si la Règle bénédictine s'était imposée, les coutumes de chaque établissement jouaient également un rôle non négligeable dans cette nécessaire organisation.

Certains principes sont néanmoins communs à la quasi - totalité des monastères, qui abritaient des :
                          . moines de choeur, les profès, qui avaient prononcé les voeux solennels de pauvreté , chasteté et obéissance.
                           . des laïcs, au premier rang desquels on trouvait les convers (du latin conversus, converti). Ces derniers ne prêtaient que le voeu d'obéissance (bien souvent, ils ne jouissaient pas des capacités intellectuelles pour devenir moine), et accomplissaient principalement les tâches, que le moine ne pouvait pas accomplir (Travaux pénibles dans les champs, Rapports avec l'extérieur,...). L'acroissement des domaines abbatiaux accrut encore, à partir du XIIème siècle, leur rôle. Sans pouvoir devenir des moines de choeur, ils étaient religieux à part entière,à la différence des oblats (du latin oblatus, offert)

Clercs et laïcs cohabitaient donc au sein du monastère, contraignant ce dernier à régenter plusieurs "modes de vie" On n'attendait pas la même piété d'un moine, que d'un oblat. En outre, même parmi les clercs, il existait de nombreuses différences de traitements et de devoirs. Ainsi, le novice n'était-il astreint qu'à l'expérience de sa foi et de son caractère, alors que les doyens devaient, outre les tâches incombant à chaque moine, guider les grandes décisions du monastère.

Quelle que soit sa dimension (vaste abbaye, ou simple grange prieurale), un monastère restait donc une société réduite, aux composantes diverses et variées, qu'il convenait d'organiser et de structurer, oeuvre des premiers moines. Dès le VIème siècle, la Règle de Saint Benoit ébauche cette structuration nécessaire, en définissant les attributions et responsabilités de l'abbé, du prieur, du cellérier, du maître des novices,....
Suffisante à l'origine, cette hiérarchie sera complétée par de nombreux autres officiers, au cours des siècles suivants (surveillant, aumônier, hôtelier,.....). Pourtant, les titres différent d'un ordre à l'autre, voire, dans certains cas, d'une abbaye à l'autre, mais cette organisation n'avait pour but, que d'aider le religieux à suivre, selon ses voeux, la voie de la perfection.

Face à cette organisation, les ordres et les règles voulaient également imposer une organisation du Temps. Ainsi, quotidiennement - ou parfois, de manière plus espacée -, les moines devaient se rassembler, afin de lire, notamment, un chapitre de la Règle (capitulum), l'Evangile du jour, mais aussi afin d'aborder toutes les questions matérielles, relatives à la vie quotidienne du monastère. Dans cette salle capitulaire (de capitulum) , tous n'ont pas "droit au chapitre" (Les convers sont, par exemple, privés du droit de vote) .
Les décisions importantes, comme l'élection de l'abbé, sont soumises au vote de l'ensemble des moines. 
Certains historiens ont cru déceler l'origine de la démocratie dans ces abbayes. Si tel n'est pas le cas, cette organisation (structurée et hiérarchisée) a néanmoins servi d'exemple aux seigneurs du Moyen Age pour leurs propres seigneuries, mais aussi au Roi pour l'organisation de son Royaume.

L'abbaye avait besoin de patriciens, dont le savoir - faire était étranger ou inconnu, aux religieux : vitriers, tisserands, potiers, tonneliers,.....mais aussi d'officiers, chargés de faire appliquer leurs droits sur le domaine abbatial (Juges, sénéchaux,...). Ces professionnels ne vivaient que grâce aux commandes de l'Abbaye, dont ils se rapprochaient en se regroupant près du monastère, formant ainsi un bourg. Ils étaient alors rejoints par un grand nombre de mendiants, venus survivre en ces lieux, mais aussi par des paysans, qui attendaient là que l'abbaye fasse appel à eux pour renforce cette main d'oeuvre abondante et nécessaire.
Une étude récente sur l'ensemble du territoire français estime ainsi, que 35 % des communes ont, à leur origine, un monastère.